Vielen Blue Carbon-Ökosystemen geht es nicht gut. Salzwiesen sind durch großflächige Eindeichungen verschwunden, Seegraswiesen und Algenwälder leiden unter der Eutrophierung und der Erwärmung und auch ihre Verbreitung ist stark zurückgegangen. Die Bänke der Europäischen Auster sind durch Übernutzung verschwunden und marine Sedimente werden ständig durch grundberührende Fischereimethoden aufgewühlt. Die Zerstörung und Belastung dieser Ökosysteme schränkt nicht nur die Kohlenstoffspeicherkapazität massiv ein, sondern das Aufwühlen von Sedimenten setzt sogar Treibhausgase frei.
Dadurch können sie nicht mehr in dem für Salzwiesen typischen Maßstab Kohlenstoff